Samurai Deeper Kyo bercerita tentang seorang pemuda yang bernama Mibu Kyoshiro yang memiliki berkepribadian ganda yaitu Kyo si Mata Iblis. Dalam sosok kesehariannya Kyoshiro seperti pemuda biasa yang  lemah dan tidak bisa bertarung, namun pada saat menghadapi musuh, pribadi gandanya yaitu Kyo Si Mata Iblis akan muncul. Dengan sosoknya Kyo Si Mata Iblis mampu menggenggam pedang dan bergerak secepat kilat untuk menebas musuhnya.

Petualangan Kyoshiro dimulai saat dia bertemu dengan Shiina Yuya dan lawan-lawan tangguhmu bermunculan yaitu Okuni dan Benitora. Awalnya mereka berdua adalah musuh, tetapi mereka tertarik dengan 'Kyo si Mata Iblis' lalu ikut dengan Kyo, bahkan Samurai terkenal dari klan Sanada juga ikut menjadi rekan Kyo.